実証済みリアルタイムPCRアッセイから独自のApplied Biosystems TaqMan SARS-CoV-2 Mutation Panelを選択でき、今必要な結果を得ることができます。このスケーラブルなパネルを使えば、数個から数百個のサンプルに対して、お手持ちのリアルタイムPCR装置を使用して、1から多数の変異を識別することができます。
- カスタマイズ可能—実証済みリアルタイムPCRアッセイから独自のカスタムパネルを選択し、関連するSARS-CoV-2変異を特定できます。カスタム依頼によりその他の変異が出現した場合にすぐに適応可能です
- 便利—現在お手持ちのリアルタイムPCR装置を使用して、SARS-CoV-2検査で用いたサンプルの変異解析が行えます
- スケーラブル—1～数百のサンプルをランして、1つ、または複数の変異を検出できます
- 最適化されたワークフロー—ゴールドスタンダードのTaqMan SNP Genotyping Assaysと1ステップのRT-PCR反応を組み合わせ、約70分でRNAサンプルから結果が得られます
| ターゲット | 実証済みリアルタイムPCR SNPアッセイから独自のカスタムパネルを選択 |
| アッセイデザイン | ターゲット配列領域を増幅するための特異的Forward／ReverseプライマーReverseプライマーは、SARS-CoV-2ゲノムRNA配列の逆転写反応用のプライマーを兼ねています。各アッセイは、野生型と変異型を検出するため、非蛍光クエンチャー（NFQ）を備えた2種類のTaqMan MGBプローブを含みます |
| 入手可能なサイズ | 375反応 1,250反応 |
| RNAサンプル | CT値が30以下のSARS-CoV-2サンプルから抽出されたRNAサンプル |
| 反応時間 | 結果まで約70分 |
| 推奨装置 | Applied Biosystems QuantStudioシリーズなど、すべてのApplied BiosystemsブランドのリアルタイムPCR装置 |
| 推奨ソフトウェア | QuantStudio Design and Analysis Software v2.5以降のGenotyping Analysis Module |
実証済みリアルタイムPCRアッセイ（SNPジェノタイピング）により、ロバストなSARS-CoV-2変異の検出が行えます。下記はQuantStudio Design and Analysis Software v2.5のGenotyping Analysis Moduleを使用した解析結果（クラスタープロット）です。これらのクラスタープロットは、野生型のサンプル（x軸に沿った赤い点）と変異サンプル（y軸に沿った青い点）の非常に明確な区別を示しています。
S遺伝子のdelH69V70変異
図2.S遺伝子変異delH69V70のクラスタープロットdelH69V70（69-70delとしても知られる）はB.1.1.7（501Y.V1またはアルファ株）の既知の変異です。delH69V70はB.1.1.7のみに存在するわけではありません。
- 野生型検出
- delH68V70変異の検出
S遺伝子のN501Y変異
図3.S遺伝子N501Y変異のクラスタープロットN501Yは、B.1.1.7（アルファ株）、B.1.351（ベータ株）、P.1（ガンマ株）に一般的に見られます。
- 野生型検出
- N501Y変異の検出
One-step RT-PCR反応
当社独自のワークフローは、SARS-CoV-2陽性サンプルから分離したRNA から始まり、当社ゴールドスタンダードのApplied Biosystems TaqMan SNP Genotyping AssaysとワンステップRT-PCR反応を組み合わせて、サンプル中に既知の変異が存在するかどうかを検出します。
このビデオでは、このワンステップRT-PCR反応の仕組みと、結果がどのようであるかを説明します。
トレーニングサポート
2つのビデオでからなるこの短いチュートリアルで、以下をご覧になれます：
- SARS CoV-2変異パネルを認識するため、装置ソフトウエアをセットアップします
- Applied Biosystems Design and Analysis Software v2.5以降のGenotyping Analysis Moduleで、すべてのApplied BiosystemsリアルタイムPCR装置のランファイルを使ってデータを解析します
thermofisher.com/educationconnectにアクセスして、アカウントにログインするか、新しいアカウントを作成してください。
解析ソフトウエア
実験のセットアップと結果解析のためのヒントとコツ
この短いビデオでは、以下をご覧になれます：
- 装置のソフトウエアでジェノタイピング解析を設定する方法
- 逆転写ステップでメソッドを設定する方法
- ジェノタイピング解析設定でリアルタイムデータを選択する方法
- 結果の表示方法とクラスタープロットの読み方
Genotyping Analysis Module を備えるQuantStudio Design and Analysis Software v2.5以降を使用します。
Use Case Blogs
TaqMan SARS-CoV-2 Mutation Panelを使用するには、以下を注文する必要があります：
Premier assaysは1つの標準サイズで提供され、一般的な変異株で需要が高いアッセイです。
Custom assaysには2種類のサイズがあり、納品に時間がかかります。
当社は最近、命名規則を見直しました：遺伝子変異参照コドン変異コドン
例： S.D215G.GAT.GGT
備考：多塩基の欠失では、参照コドンおよび変異コドンは命名規則に当てはまらない場合があります。（例：S.delH69V70）
【ご注文方法について】
- Premier assays（標準価格 150,000円、1,250反応）は、当社販売代理店経由での販売になりますので、販売代理店へご注文ください。
- Premier assays（375反応）は、クイックオーダー画面からご注文できます。
製品番号には共通してA49785をご入力いただき、ID欄にはご希望の変異のアッセイIDをご入力ください。
※ご注文にはthermofisher.comのアカウントが必要です。（thermofisher.comへの新規登録とオンラインオーダー可能な製品についてをご覧ください）
| 変異 | WHO ラベル | 関連変異株 | 最初に記録されたサンプル | 製品番号 | アッセイID |
|---|---|---|---|---|---|
S.D215G.GAT.GGT | Beta | B.1.351 | 南アフリカ | A51823 | CV9HHWM |
S.D614G.GAT.GGT | Various | B.1.1.207, P.1、B.1.1.33、B.1.1.7、B.1.177、B.1.258、B.1.351、B.1.525、Mink変異株 | ナイジェリア、英国、南アフリカ、ブラジル／アマゾン | A51818 | CVKA3AT |
S.delH69V70 | Alpha | B.1.1.7、B.1.258、B.1.525 | 英国 | A51808 | CVCE3U9 |
S.delY144 | Alpha | B.1.1.7 | 英国 | A51817 | CVTZ76E |
S.E484K.GAA.AAA | Beta、 Gamma、 Eta | P.1、B.1.1.33、B.1.351、B.1.525 | 南アフリカ、ブラジル | A51813 | CVEPRY3 |
S.E484Q.GAA.CAA | Delta （この変異はなし） | B.1.617、B.1.617.1、B.1.617.3 | インド | A51820 | CVDJXE7 |
S.F888L.TTT.CTT | Eta | B.1.525 | 英国 | A51827 | CVFVKJ2 |
S.K417N.AAG.AAT | Beta | B.1.351 | 南アフリカ | A51814 | CVFVKJZ |
S.K417T.AAG.ACG | Gamma | P.1 | ブラジル／アマゾン | A51815 | CVGZE4X |
S.L18F.CTT.TTT | Gamma | P.1, B.1.351 | 南アフリカ、ブラジル／アマゾン | A51830 | CV47VRT |
S.L452R.CTG.CGG | Delta、 Epsilon | B.1.617、B.1.617.1、B.1.617.2、B.1.617.3、B.1.429 | インド、カリフォルニア州 | A51819 | CVAAAAD |
S.N439K.AAC.AAA | B.1.258 |
| A51825 | CVH49PV | |
S.N501Y.AAT.TAT | Alpha、 Beta、 Gamma | P.1、B.1.1.7ｍB.1.351 | 英国、南アフリカ、ブラジル／アマゾン | A51812 | CVDJXE6 |
S.P681H.CCT.CAT | Alpha | B.1.1.207、B.1.1.7 | ナイジェリア、英国 | A51816 | CVPRJZJ |
S.P681R.CCT.CGT | Delta | B.1.617.1, B.1.617.2, B.1.617.3 | インド | A51822 | CVEPRY4 |
S.S13I.AGT.ATT | Epsilon | B.1.427, B.1.429 | カリフォルニア州 | A51828 | CVNKRFN |
S.S477N.AGC.AAC | lota | B.1.526 | ニューヨーク州 | A51824 | CVMFWVR |
S.T20N.ACC.AAC | Gamma | P.1 | ブラジル／アマゾン | A51821 | CVCE3VA |
S.V1176F.GTT.TTT | P.2 | ブラジル | A51826 | CVKA3AU |
【ご注文方法について】
- Custom assaysは、オンラインオーダー品です。
変異の種類とサイズをご確認いただき、右下のボックスに購入数を入力して「Add to cart」ボタンを押してください。
ページ右上のカートに製品が追加されたことをご確認の上、ご注文手続きにお進みください。
※ご注文にはthermofisher.comのアカウントが必要です。（thermofisher.comへの新規登録とオンラインオーダー可能な製品についてをご覧ください）
*両方のアッセイを用いることが推奨されます。変異株には2種類の変異コドンがある場合があり、その結果、同じアミノ酸変化が生じます。各変異に関連する命名規則は上記の表を参照してください。
その他の必要試薬
マスターミックス
推奨コントロール
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